Z powodu niekompletnych baz danych analizy DNA wykorzystywane do badania mikrobiomu mogą dawać błędne wyniki – informuje pismo „PLOS ONE”.
Społeczność drobnoustrojów zamieszkujących dane środowisko (na przykład ludzkie jelita) nazywana jest mikrobiomem.
W ostatnich dziesięcioleciach mikrobiomy (nie tylko ludzkie) były przedmiotem intensywnych badań. Naukowcy starali się zarówno zrozumieć związki odporności immunologicznej, otyłości czy autyzmu z mieszkańcami ludzkich jelit, jak i znajdować w naturalnym środowisku drobnoustroje, które rozkładają toksyczne związki lub wytwarzają biopaliwa.
Badania społeczności drobnoustrojów polegają najczęściej na porównaniu DNA uzyskanego z próbki biologicznej z sekwencjami dostępnymi w bankach danych genomu. Dlatego naukowcy mogą zidentyfikować tylko te sekwencje DNA, które już znajdują się w bazach danych. Fakt ten może znacząco ograniczać wiarygodność danych.
Na problematyczną wiarygodność badań mikrobiomu zwrócił uwagę zespół kierowany przez Aiese Cigliano z Sequentia Biotech SL oraz Clemente Fernandeza Arias i Federicę Bertocchini z Centro de Investigaciones Biologicas Margarita Salas w Madrycie (Hiszpania).
Aby przetestować spójność obecnych metod analizy, naukowcy wykorzystali symulacje komputerowe do stworzenia wirtualnych mikrobiomów imitujących rzeczywiste populacje bakterii. Wykorzystali standardowe techniki do analizy społeczności wirtualnych i porównali wyniki z oryginalnym składem.
Jak wykazał ten eksperyment, wyniki analiz DNA mogą w niewielkim stopniu odpowiadać rzeczywistemu składowi badanej społeczności mikroorganizmów. Wiele gatunków „wykrytych” w analizie nie występuje w rzeczywistości w społeczności.
Ponieważ badanie (DOI: 10.1371/journal.pone.0280391) wykazało istotne wady stosowanych obecnie technik, autorzy doszli do wniosku, że aby poprawić dokładność analizy mikrobiomu, trzeba zebrać więcej informacji o genomie drobnoustrojów i udostępnić te informacje w publicznych bazach danych. Zanim uda się tego dokonać, wyniki badań mikrobiomów trzeba interpretować ostrożnie, zwłaszcza w przypadkach, gdy dostępne informacje genomowe z badanych środowisk są nadal ograniczone.(PAP)
Autor: Paweł Wernicki
pmw/ agt/
Fundacja PAP zezwala na bezpłatny przedruk artykułów z Serwisu Nauka w Polsce pod warunkiem mailowego poinformowania nas raz w miesiącu o fakcie korzystania z serwisu oraz podania źródła artykułu. W portalach i serwisach internetowych prosimy o zamieszczenie podlinkowanego adresu: Źródło: naukawpolsce.pl, a w czasopismach adnotacji: Źródło: Serwis Nauka w Polsce - naukawpolsce.pl. Powyższe zezwolenie nie dotyczy: informacji z kategorii "Świat" oraz wszelkich fotografii i materiałów wideo.
